南京市博物馆位于南京朝天宫内，是一座反映南京历史文化的综合性博物馆，是江苏省、南京市爱国主义教育基地。半个多世纪以来，南京市博物馆担负着南京地区的地下考古发掘，零散文物征集，文物展示与保管，科学研究，宣传教育工作。馆藏文物十万多件，集中反映了古都南京的历史文化特色。
馆址朝天宫是江南地区建筑等级最高，面积最大，保存最完整的古建筑群。明代皇帝朱元璋钦定“朝天宫”之名，明代曾是朝廷举行大典前和官僚子弟袭封前演习朝见天子礼仪的场所，亦为道观，清代为文庙。经过多年的维修，朝天宫古建筑群重现英姿，博物馆的珍贵文物的展示，与雄伟的古建筑群交相辉映，成为现代南京都市的一颗明珠。
馆藏各类文物是南京各个历史时期的见证，地方特征明显。尤以中更新世中期南京直立人化石地点，营盘山、薛城、等新石器时代遗址的文物独具特色，六朝、明代和民国文物品类之多、质量之精，为国内外专家学者所瞩目。
馆内现有基本陈列《六朝风采》,是目前国内唯一的展示六朝文物，反映六朝文化的专题陈列，1997年获全国首届“十大精品陈列”称号。《明都南京》陈列，集中展示了南京作为明代立国都城和当时的全国政治、经济、文化中心的辉煌成就。《南京六朝建康都城遗迹探寻》展览，介绍了近年来建康都城考古的工作成果。这些展览从不同角度凸现南京古都历史文化特色，可以领略南京城市发展的历史轨迹。
馆藏的文物还参加在国外举办的展览，日本名古屋市建市百年活动期间，在日本名古屋举办了《南京明代王公贵族文物展览》。还参加了在美国举办的《中国天子文物展》，在日本举办的《中国古代玻璃金银器展》，在德国、瑞士、英国、丹麦举办的《中国古代人与神展览》，在香港举办的《国宝——中国历史文物精华展》，在新加坡举办的《宋元明三朝文物展》，在日本举办的《中国明清宫廷贵族妇女文化与珍宝展》。馆藏文物精品多次远涉重洋，展示华夏文化的风采。
馆内还引进国外文化艺术展览，向南京市民介绍国外艺术与文化，进行中外文化交流。举办过《荷兰著名画家凡高画展》、《新加坡女画家王丽涵画展》，日本水墨画家鹈崎博的《中国长江?江南美术展》，香港女画家黄静端的《黄静端国画展》，《台湾朗静山摄影作品展》，日本亚细亚美术交友会的《亚细亚二千年国际和平现代美术展》、《中日友好少儿书画交流展》等展览， 丰富的陈列展览，向全国，向世界展示中国古代传统文化的精彩，展示世界优秀文化的精彩。该馆陈列展览成为展示南京历史文化名城重要的窗口。
该馆有一支专业考古队伍，大量的田野考古工作，为研究南京地区的历史文化轨迹提供了丰富的资料。汤山南京直立人化石地点的考古发掘，被评为1994年全国十大考古发现，“九五”期间全国十大考古发现。薛城遗址的发掘，被评为1997年全国十大考古发现提名奖。六朝家族墓地的考古发掘，被评为1998年全国十大考古发现。
该馆的宣教工作富有特色，与南京地区大中小学共建教育基地，通过参观讲解展览，举办专题讲座，开办第二课堂，夏令营等活动，开展丰富多彩的历史、艺术、科技、考古等方面的知识教育，贯彻爱国主义实施纲要。该馆重视提高讲解员的业务水平，在全国讲解员大赛中曾获一等奖。讲解员接待了大批中外贵宾，规范的服务，热情的介绍，受到一致的好评。
该馆重视学术研究和出版工作，编辑出版有《唐明徵君碑帖》、《南京风物志》、《南京文物与古迹》、《南京市博物馆》、《南京出土六朝墓志》、《六朝文物考古论文选》、《南京人化石地点》、《明代冠服首饰》等书。其中《南京人化石地点》获“第二届夏鼐考古奖”、“江苏省第二届文博论著特别奖”。该馆人员还撰写大批考古简报、学术论文，在全国各有关学术刊物发表。此外还邀请海内外专家学者在馆内作学术交流，参加全国及海外专题学术研讨会，将研究工作不断引向深入。
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